本病是因生殖结节发育不全所造成的，此种患者除无阴茎外，还可以兼并其他泌尿生殖器，直肠与肛门，心血管体系以及下肢变形，因而，患者常常是短寿的，关于可以成活下来的患者来说，最佳的医治办法是转归为女性，其手术包含睾丸切除及外阴成形等。
二、隐匿阴茎畸形
本病多见于肥胖体型的人（阴囊肿大造成者除外），病人常因肥胖导致阴茎发育异常，出现包茎及阴茎发育短小等症，除影响排尿外，对性生活影响也较大，诊断此类病人，应注意与小阴茎和无阴茎者相鉴别，其治疗方法是进行综合性减肥治疗，必要时可实施阴茎成形术并辅以内分泌治疗，儿童患者应尽量在青春期前完成手术。
三、双阴茎畸形
本症是因胚胎期阴茎始基发育障碍所引起的，常合并其他畸形，如双膀胱，双直肠以及肛门，脊柱等部位的畸形，因此，对双阴茎畸形要做全面的体格检查，以得出全面的诊断，治疗单纯性双阴茎畸形比较简单，可保留较粗壮的一侧而将另一侧切除。
四、小阴茎畸形
一般认为，新生儿阴茎的长度小于1 cm，进入青春期后阴茎长度小于5 cm，直径亦较小，但尿道及开口正常者，即称为小阴茎畸形，其发病原因并不十分清楚，有可能是其他先天畸形的症状之一，因此，要注意病人是否存在着性别畸形以及内分泌和生殖器的其他先天疾患，患小阴茎畸形的病人，其第二性征发育多较差，阴茎多存在勃起障碍，严重者甚至还有排尿困难，实验室检查及病理组织检查对诊断有一定帮助，治疗此类病人可依下列原则进行：
1、首先解除病人的排尿困难，应尽早实施尿道整形术。
2、进行内分泌治疗，雄性激素开始使用的时间越早，其治疗效果越好。
3、在必要的情况下，可进行小阴茎增大整形术或改变性别的手术。
大阴茎畸形者的阴茎长度和直径均较正常者大，国内曾报道有阴茎长度达18 cm，根部直径达3.5 cm，阴茎头长3.5 cm，头部直径达5.5 cm者，大阴茎畸形病人还常常合并内分泌系统的其他疾病，治疗这种病人一般是采用部分切除阴茎海绵体的缩小手术。
六、蹼状阴茎畸形
蹼状阴茎，是指阴茎皮肤全长附着于阴囊，而使阴茎无法勃起并影响排尿的一种畸形，一些病人还合并尿道下裂或性别畸形，可根据具体情况选择阴茎成形术或尿道下裂修补术进行治疗。
七、阴茎的弯曲畸形
先天性阴茎弯曲，是因阴茎海绵体发育障碍所引起的畸形，阴茎呈向股侧弯曲，Devine（1973）根据病变组织的部位与性质将先天性阴茎弯曲划分为三型，即：尿道海绵体及其周围筋膜缺如型，Buck筋膜与白膜发育不良型和内膜发育不良型，其中的尿道海绵体缺如型的弯曲最为严重，本病病人的主要症状是阴茎弯曲，同时伴有排尿及性生活障碍，其治疗方法主要是实施包括切除影响阴茎伸直组织在内的阴茎整形术。
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