1、造成心理障碍：生殖器疱疹的发生和复发会造成病人思想负担过重，致使患者害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。
2、引起反复发作：一旦染病.病程长，反复发作，缠绵不愈，难于控制，这是它的特点。第一次疱疹病毒感染后1年内有将近60%的患者复发.第一 年可复发4-6次，以后次数减少。复发一般都在原处，但水疱数目持续时间扣自觉症状均比原发者轻，淋巴结不肿大。
3、严重影响生育：男性患生殖器疱疹，将生殖器疱疹病毒传染给妻子，妻子怀孕患生殖器疱疹可能会引起子宫内感染和新生儿疱疹感染，导致流产、死产、新生儿死亡或发生严重后遗症。约半数以上的新生儿疱疹患者会死亡或遗留中枢神经系统的后遗症。
4、导致病人易患艾滋病：在艾滋病流行地区，生殖器疱疹还为艾滋病病毒进入人体提供通道和便利条件，从而增加了患艾滋病的危险性。
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